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Consejos de mantenimiento de la base de datos
Para mejorar la velocidad de las consultas SQL que lanza desde sus aplicaciones PHP a MySQL es conveniente tener una base de datos optimizada.
Para ello, procure tener correctamente indexadas y optimizadas sus tablas.
El uso de índices facilita que las consultas se hagan rápidamente. Puede consultar este artículo o este otro donde se explica como optimizar sus consultas utilizando índices.
Puede optimizar las tablas de su base de datos (realizando una especie de defragmentación) utilizando la orden OPTIMIZE de mysql.
Si utiliza phpMyAdmin, verá como entre las opciones de edición de las distintas tablas aparece una titulada "Optimizar" o "Eliminar residuo".